MySql soporta distintas tecnologías de almacenamiento de datos, entre estas destacan MyISAM e InnoDB, el primero de ellos (MyISAM) es el utilizado por defecto pero en la mayoría de los casos podremos cambiarlo cuando queramos.
A continuación, explicaré las ventajas de utilizar uno u otro.

MYISAM: es el tipo de tabla por defecto en MySQL desde la versión 3.23. Optimizada para sistemas operativos de 64 bits, permite ficheros de tamaños mayores que las ISAM. Los datos se almacenan en un formato independiente, lo que permite pasar tablas entre distintas plataformas.

Los índices se almacenan en un archivo con la extensión ”.MYI” y los datos en otro archivo con extensión “.MYD”. Ofrece la posibilidad de indexar campos BLOB y TEXT. Además este tipo de tablas soportan el tipo de dato VARCHAR.

INNODB: InnoDB provee a MySQL con el soporte para trabajar con transacciones, además de hacer un mejor bloqueo de registros para las instrucciones SELECT muy parecido al usado por Oracle, con lo que incrementa el rendimiento y la concurrencia en ambientes multiusuario, por otro lado, InnoDB es el único formato que tiene MySQL para soportar llaves foráneas (FOREING KEY). Además de todo lo comentado, InnoDB ofrece unos rendimientos superiores a la anterior tecnología de tablas de MySQL (MyISAM).

Ventajas: InnoDB vs MyISAM

InnoDB

• Soporte de transacciones
• Bloqueo de registros
• Nos permite tener las características ACID (Atomicity, Consistency, Isolation and Durability: Atomicidad, Consistencia, Aislamiento y Durabilidad en español), garantizando la integridad de nuestras tablas.
• Es probable que si nuestra aplicación hace un uso elevado de INSERT y UPDATE notemos un aumento de rendimiento con respecto a MyISAM.

MyISAM

• Mayor velocidad en general a la hora de recuperar datos.
• Recomendable para aplicaciones en las que dominan las sentencias SELECT ante los INSERT / UPDATE.
• Ausencia de características de atomicidad ya que no tiene que hacer comprobaciones de la integridad referencial, ni bloquear las tablas para realizar las operaciones, esto nos lleva como los anteriores puntos a una mayor velocidad.

La elección es un tema delicado ya que hay que conseguir la mejor relación de calidad acorde con nuestra aplicación, obviamente si necesitamos transacciones, claves foráneas y bloqueos tendremos que escoger InnoDB por el contrario escogeremos MyISAM en aquellos casos en los que predominen las consultas SELECT a la base de datos (un gran número de páginas webs).

Documentación oficial InnoDB y MyISAM

Fuente: www.tufuncion.com